虽然三代试管筛查胚胎可以在一定程度上胚胎的健康，但是其无法胚胎质量完全没有问题，所以三代试管筛查胚胎后再移植也会出现失败，这可能是与染色出现异常、胚胎本身质量不好、子宫环境不良、医生技术不好等因素有关。另外，如果女性身体存在免疫问题，子宫会自动排斥攻击移植来的胚胎，使胚胎移植失败。建议在移植失败后尽快查明原因进行治疗，然后在进行下一次移植。
